La muerte de Manuel J. Quintana, en 1906 llevó al gobierno a José Figueroa Alcorta, su vicepresidente. como necesitaba de una base política propia, buscó una alianza con Pellegrini y un acercamiento con el radicalismo, pero la muerte de el frustró esta estrategia. Lejos de retroceder, Figueroa Alcorta lanzó una exitosa ofensiva que llegó hasta la clausura del congreso. De este modo, destruyó la máquina electoral del roquismo, motor hasta entonces imbatible de la política nacional. Al mismo tiempo, preparó el terreno para la llegada al poder del grupo reformista encabezado por Roque Sáenz Peña. Ese mismo año fallecieron también dos líderes políticos: Bartolomé Mitre y Carlos Pellegrini.

A fines de 1907 se produjo un conflicto entre el Presidente de la Nación y el Congreso, de mayoría roquista. El motivo de la confrontación se debió a que el Presidente había convocado al Congreso a sesiones extraordinarias para votar el Presupuesto, pero éste se negó a discutirlo.